Fasta2SVG - Erstellt SVG-Grafiken aus einer Fasta-Datei

Ich habe diese kleine Software erstellt, damit meine Freundin in ihrer Doktorarbeit ihre Sequenzen als ordentliche Vektorgrafiken darstellen kann. Das Skript ist in Perl geschrieben und erstellt eine SVG-Vektorgrafik. Diese kann mit Skencil oder Sodipodi modifiziert werden. Unter Windows ist man dazu auf kommerzielle Software wie Corel Draw oder Adobe Illustrator angewiesen (oder man bootet von einer Knoppix-CD).

Um das Programm zu starten benötigt man Perl und einige Module aus dem CPAN. Unter Linux sollte das kein Problem darstellen; eine Distribitution für Windows gibt es von ActiveState.

Nachdem die Software installiert ist, muss man sich noch die folgenden Module vom CPAN (www.cpan.org) besorgen:

SVG
Getopt::Long

Unter Windows geht das mit den folgenden Kommandos:

ppm
ppm> install SVG
ppm> install Getopt-Long

Über ein Feedback würde ich mich freuen...

Download

Datum	Beschreibung	Download
07. 07. 2005	Version 0.01: Initiale Version.	Download

Beispiele

Zur Illustration habe ich hier ein paar Beispiele bereitgestellt. Wenn man in der Dokumentation weiter unten nachliest, sollten die Beispiele eigentlich selbsterklärend sein. Für diejenigen, die keinen SVG-Player installiert haben, habe ich jeweils auch eine PDF-Version erstellt.

perl fasta2svg example.fas > example1.svg

SVG Graphic Graphic as PDF-file

perl fasta2svg example.fas --align --nonumber --color="0:#ffe57d" --color="1:#ffaa00" --color="2:#ff5b01" --color="3:#ff0101" > example2.svg

SVG Graphic Graphic as PDF-file

perl fasta2svg example.fas --color="A:#ff0000" --color="T:#ff0000" --color="C:#0000ff" --color="G:#0000ff" > example3.svg

SVG Graphic Graphic as PDF-file

perl fasta2svg example.fas --color="A:#ffff00" --offset=-55 --stroke=0 --space=3 --lineheight=15 --itemwidth=15 --maxwidth=10 > example4.svg

SVG Graphic Graphic as PDF-file

NAME

faste2svg - Creates a svg-graphic from a fasta file

SYNOPSIS

fasta2svp [options] file

 Options:
   --help       get help

OPTIONS

--help: Prints this manual page in text format.
--maxwidth=i: Sets the numbers of bases / nucleotides in a line to i. The default is 75.
--space=f: Sets the space beween two lines to f; the default is 1.5.
--lineheight=f: Sets the height of a line to f. Default is 8.
--itemwidth=f: Sets the with of one item to f. Default is 6.
--scale=f: Scales the image by factor f. Default is 1.
--leftspace=i: Sets the space between sequence name and sequence to i. Default is 100.
--stroke=i: Sets the stroke of the rectangles surrounding the bases. Default is 1.
--nonumbers: Switches off the numbering (default is on).
--offset=i: Sets a offset for the numbering.
--align!: Switches to alignment-mode.
--color=s: Sets the color. If the mode is align the form is 0:#ff0000. This sets the color for no difference at this site to red. If the mode is not align, the form is A:#0000ff; this sets the base A to red.

DESCRIPTION

fasta2svg reads a fasta file and converts it to a svg-graphic that can be processed with sketch, sodipodi or other vector graphic programs.

LICENCE

This program is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or any later version.