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Restriktion und Reparatur Inhalt Replikation der DNA Viren, Phagen und Transposons

Unterabschnitte


Die Rekombination

Man kann bei der Rekombination die allgemeine oder homologe Rekombination zwischen gleichen Sequenzen von der Sequenzspezifischen rEkombination, bei der sich z.B. die Phagen-DNA spezifisch an einer Sequenz in das Genom integriert, von winer Transposition, bei der Elemente von einem chromosomalen Ort an den anderen Wandern und der Rekombination der RNA-Viren, bei denen durch Kopienwahl die Polymerase zwischen zwei Matrizen Wechselt und so zwei Stränge kombiniert, unterschieden werden.

Die Rekombination beginnt damit, dass sich ein Komplex, der Heteroduplex-DNA genannt wird bildet, in dem jeder DNA-Strang mit einem Einzelstráng mit einem Einzelstangbereich des anderen Strangs in Wechselwirkung tritt. Diese Rekombinationsverbindung kann sich entlang des Strangs bewegen. Dieser Vorgang wird als branch migration bezeichnet. Die von der DNA bei diesem Prozess gebildete 3d-Struktur wird als Holliday-Struktur bezeichnet.

nach der Rekombination erfolgt ein erneutes Aufbrechen der Einzelstrangbrüche und entweder eine Rückkehr zur alten Sequenz oder man erhält eine Spleissrekombinante, bei der ein Austausch der Stränge stattgefunden hat.

Man geht davon aus, das die Rekombination durch einen Doppelstrangbruch eingeleitet wird. Zunächst wird die Endonuklease den Empfängerstrang schneiden. Dieser Schnitt wird durch Exonukleasen zu einer Lücke ausgeweitet, die dann an der homologen Region die Basenpaarung aufbricht. Die dadurch D-Schleife wird von dem Reparatursystem aufgefüllt und durch das Reparatursystem verlängert. Wenn er das Ende der Lücke erreicht, verbindet er sich mit dem gegenüberliegenden Ende seiner eigenen Sequenz. Das andere überhängende Ende des Empfängerstrangs bindet an die homologe Region des Donorstrangs und wird dort ebenfalls komplementiert.

Man nimmt an, dass der synaptonemale Komplex, der sich bei der Meiose ausbildet nicht die Ursache, sondern eine Folge der Rekombination ist. Die einzige Verbindung zwischen den Chromosomen in diesem Komplex sind die Rekombinationsknoten. Dort vermutet man die Rekombination. Man nimmt an, dass auch deren Mechanismus auf Doppelstrangbrüchen beruht. Die Rekombination muss vollendet sein bevor die Meiose fortgesetzt werden kann. Man nimmt an, dass die Crossing-Overs von einer übergeordneten Struktur kontrolliert werden.

In E. coli fand man eine spezifische Sequenz, die chi-Sequenz, die in ihrer Umgebung die Rekombination anregt. An diesen Stellen greift ein Enzym an, das durch eine kombinierte Endo-, Exo- und Helikase-Aktivität einen Strangbruch erzeugt. Dieses Enzym RecBCD wirkt nach Verlust der RecD-UE an der chi-Sequenz als Helikase, vorher als Nuklease. Durch die Aktivität von RecA entsteht dann ein Heteroduplex-Komplex, der die Rekombination einleitet.

Der von RecA vermittelte Prozess wird als Einzelstrangassimilation bezeichnet. Dabei verdrängt der Einzelstrang einen der Doppelstränge durch seine Bindung. Dies wird möglich, da RecA mit DNA lange Filamente bilden kann. Durch eine ATPabhängige Reaktion kann so ein ganzer Strang ersetzt werden. Durch einen ähnlichen Mechanismus ist es möglich, das ein teilweise und ein komplett doppelsträngiges Molekül einen Strang austauschen.

Nach einer Meiose sollten die Gene von Vater und Mutter normalerweise in einerm Verhältnis von 4:4 vorliegen. Ist dies nicht der Fall, hat eine Genkonversion stattgefunden. Dabei rekombinieren zwei Chromatide miteinander. Dies ist in einer Rekombination begrüundet, bei der in machen Fällen eines der beiden Allele nach der Rekombination vollständig ersetzt wird (Verhältnis 2:6).

Topologische Manipulation der DNA

Die Trennung der Stränge erfordert immer eine Rotation im Raum. Wenn sich zwei Moleküle DNA nur in ihrer Windungszahl unterscheiden, werden sie als topologische Isomere bezeichnet.

Eine Veränderung der Windungszahl wird durch die DNA-Topoisomerasen katalysiert. Sie werden in TypI, der vorübergehend einen Einzelstrang- und TypII, der einen Doppelstrangbruch einführt unterteilt.

Das topA-Gen von E. coli codiert für eine TypI-Topoisomerase, die einen DNA-Strang bricht, indem es die Phosphodiesterbindung auf das Protein überträgt, die Struktur verändert und dann die ursprüngliche Bindung wieder herstellt. Man kann auch zeigen, dass diese Topoisomerase eine einzelsträngige DNA durch eine andere hindurchziehen kann.

Der TypII entspannt normalerweise negative wie positive Überspiralisierung.

Die Gyrase führt eine negative Überspiralisierung in die DNA ein. Sie kann etwa 100 Überspiralisierungen pro Minute einführen. In Abwesenheit von ATP kann die Gyrase auch negative Überspiralisierung entspannen. Die Gyrase ist für die Replikation wichtig.

Der Mechanismus könnte darauf beruhen, dass die Gyrase die DNA über Kreuz bindet, was innerhalb der DNA zu einer negativen Kompensations-Spiralisierung führt. Dann schneidet die Gyrase die beiden Stränge und führt sie aneinander vorbei. Durch diesen Mechanismus der ,,Vorzeichenänderung`` wird die Überspiralisierung eingeführt. Nachdem es seine Wirkung entfaltet hat, wird es (wahrscheinlich mittels ATP) wieder in seine aktive Form überführt.

Spezialisierte Rekombination

Die spezialisierte Rekombination beschreibt den Mechanismus, durch den sich ein Phage in das Genom des Wirtes integriert. An einer bestimmten Stelle, der Anheftungesstelle, die in ihnerer Mitte eine Homologie zu der Phagen-DNA aufweist, integriert sich der Phage in das Bakteriengenom. Die Anheftungsstelle des Phagen muss für eine erfolgreiche Rekombination überspiralisiert sein.

Für seine Integration wie auch eine spätere Excision wird jeweils der IHF (integration host factor) vom Bakterium und ein spezigisches Protein des Phagen benötigt. IHF ist ein Protein, das DNA an seiner Oberfläche aufwickeln kann und ist für E. coli nicht essentiell.

Bei der Integration werden die Stränge einzeln aufgebrochen und der Phage integriert sich über eine Holliday-Struktur. Die Aktivität des vermittelnden Enzyms gleicht der Topoisomerase I.


 
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