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Die Replikation Inhalt Replikation der DNA Die Rekombination

Unterabschnitte


Restriktion und Reparatur

Neben den Mechanismen für das Umschreiben der DNA gibt es eine Vielzahl von Enzymen, die die DNA modifizieren oder reparieren.

Bei Bakterien finden sich sogenannte Restriktionsendonukleasen, die an einer bestimmten Stelle die DNA zerschneiden, wenn diese nicht methyliert ist. Dieser Mechanismus führt dazu, dass alle DNA (Plasmid-, Phagen- und Bakterien-DNA), die das Bakterium durchlaufen hat, ein charakteristisches, vor den Enzymen schützende Methylierungsstruktur aufweist.

Man kann die Restriktionsendonukleasen in zwei Klassen unterteilen. Bei den Enzymen von Typ-I und Typ-III handelt es sich um eine Enzym, das für Modifikation der DNA und die Restriktion verantwortlich ist, während bei Typ-II, einem Enzym aus zwei Untereinheiten ein Enzym für Methylierung und Restriktion verantwortlich ist. Die klassischen Restriktionsenzyme gehören zum Typ-II.

In wenigen Fällen findet man auch Restriktionsendonukleasen, die gezielt eine bestimmte Sequenz abbauen, wenn diese methyliert ist.

Bei dem bekannten EcoRI besteht das Enzym aus zwei Untereinheiten, die als Dimer aktiv werden. Wie für die meisten Restriktionsenzyme ist auch die Schnittstelle für EcoRI ein Palindrom. Nur eine vollständig methylierte DNA wird erkannt, eine hemimethylierte wird nicht geschnitten, sondern von einer Methylase methyliert.

Die Schnittaktivität des TypII wird immer innerhalb der Sequenz oder knapp daneben ausgeführt. Die Methylierung erfolgt immer nur an einer Base, danach dissoziiert das Enzym ab.

Die Multimere von TypI und TypIII üben Methylierung und Restriktion parallel aus.

Die TypI-Enzyme bestehen aus einer Einheit zum Erkennen der DNA und je zwei Einheiten zum Methylieren und Schneiden, wobei die beiden Aktivitäten ausschliessen. Die Aktivität des Enzyms wird dadurch gesteuert, ob die Zielsequenz methyliert ist oder nicht. Normalerweise befindet sich bei diesem Typ die Spaltstelle mehr als 1000 bp von der Erkennungssequenz entfernt.

Die Aktivität entsprechende dem TypIII findet man nur sehr selten. Die Enzyme bestehen aus zwei Arten von Untereinheiten. Die eine ist für die Restriktion, die andere für die Methylierung und das Erkennen der DNA verantwortlich. Nach der Bindung treten Restriktion und Methylierung gleichzeitig auf, d.h. die konkurrieren um die DNA. Die Restriktion erfolgt in einem Abstand von ca. 24 Basen, die Methylierung direkt an der Erkennungsdequenz. Die von diesem Typ methyliertern Stellen wrden nur an einem Strang methyliert. nach der Replikation erfolgt eine Methylierung, da das Enzym bei einer einzelnen unmethylierten Stelle diese metyhliert und nur wenn beide Seiten nicht methyliert sind, die Stelle schneidet.

Reparatur der DNA

Schäden an der DNA können in unterschiedlicher Form auftreten:

Bei einem Einzelbasentausch ist eine einzelne Base vertauscht. Dies hat eine Auswirkung auf die Sequenz, nicht aber auf das Leseraster.

Die strukturelle Verzerrung, hervorgerufen durch kovalente Bindungen zwischen benachbarten oder genüberliegenden Basen kann die Replikation und die Transkription behindern.

Auch die Reparatur lässt sich in mehrere Systeme einteilen: Die direkte Reaparatur ist selten und entfernt einen Schaden einfach (z.B. bei UV-Schäden der Fall). Bei der Excisionsreaparatur wird ein mangehafter Abschnitt erkannt, ausgeschnitten und das fehlende Material neu synthetisiert. Die Fehlpaarungskorrektur kann während der Replikation den alten von dem neuen Strang unterscheiden und korrigiert bevorzugt die Basen des neuen Strangs. Die Toleranzsysteme greifen ein, wenn die Replikation an einer Stelle stecken bleibt, indem sie die geschädigte Sequenz kopieren. Die Wiederherstellungssysteme ähneln den Toleranzsystemen. Sie führen eine Reparatur durch Replikation des nicht modifizierten Strangs durch.

Das Excisionsreparatursysteme wirken in mehreren Schritten: Im Einschneideschritt erkennt eine Endonuklease die geschädigte Struktur und spaltet die DNA. Im Ausschneideschritt wird das beschädigte Stück von 5' nach 3' entfernt und im Synthseschritt füllt die DNA-Polymerase die Lücke.

Neben der konstitutiv stattfindenden Reaparatur kurzer Stücke findet durch eine massive Schädigung induziert auch die Reparatur langer Stücke statt. Diese scheint der normalen Replikation sehr ähnlich zu sein.

Eine Besonderheit ist die fehleranfällige DNA-Synthese, bei der es ein Toleranzweg der Replikation erlaubt bei einem Fehlen der komplementären Basen willkürliche Basen einzufügen.

Bei zwei unpassend gepaarten Basen kann das Reparatursystem nicht von sich aus entscheiden, welche der beiden die richtige ist. Bei einer Desaminierung von Methy-Cytosin zu Thymin gibt es ein spezielles Reparaturenzym, das diese Modifikation umkehrt. Ein anderes System ersetzt das A in AC und AG. Ausserdem lässt sich bei Fehlern, die während der Replikation auftreten, der Elternstrang an Hand der Methylierung identifizieren und der Tochterstrang wird selektiv korrigiert.

Die wiederherstellungssysteme arbeiten dann wenn die Replikation durch strukturelle Veränderungen verändert wird. Wenn z.B, zwei Basen kovalent verbunden sind, entsteht eine Lücke in einem der Einzelstränge gegenüber der modifizierten Basen. Diese Lücke wird von den Widerherstellungssystemen geschlossen, indem ein Einzelstrangtausch durchgeführt wird. Dabei wird der entsprechende Einzelstrang des anderen, korrekt replizierten Tocherstrangs auf den beschädigten Übertragen und die dadurch enstehende Lücke geschlossen. Dieses System wird von RecA und verwandten Proteinen vermittelt.

Neben der Beteiligung an der Rekombinationsreparatur hat das Protein noch weitere Funktionen, die durch eine Schädigung der DNA aktiviert werden. Die darauf folgende Antwort wird als SOS-Antwort bezeichnet und ist durch die Expression vieler Gene mit Reparaturfunktion gekennzeichnet.

Diese Antwort beginnt mit der Aktivierung von RecA. Das zu dieser Aktivierung führende Signal ist unbekannt, hat aber innerhalb weniger Minuten die RecA-vermittelte SOS-Antwort zur Folge. Die Aktivierung von RecA führt zu einer proteolytischen Spaltung von LexA, das an vielen Operons als Repressor dient und nach der Spaltung eine Proteaseaktivität entwickelt, die zu einer autokatalytischen Spaltung führt und so alle Operatoren von LexA befreit. Die so aktivierten Zielgene haben alle Reparaturfunktionen. Durch eine positive Rückkopplung von LexA auf recA wird sichergestellt, dass LexA die Gene nicht mehr reprimieren kann. Wenn RecA seine Fähigkeit, LexA zu stabilisieren verliert, kehrt die Zelle sehr schnell wieder auf ds Ausgangsniveau der Expression zurück.

In Eukaryontenzellen ist die Reparatur häufig an die Transkription gekoppelt, indem aktiv transkribierte Gene bevorzugt repariert werden. Die genauen Mechanismen sind noch zu grossen Teilen unverstanden.


 
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